Крест святого Андрея Первозванного, считавшегося покровителем России, лёг в основу флага российского флота, введённого Петром I в 1696–1696, и официально принятого в 1703 году.

Полотнище военно-морского флага сначала представляло из себя бело-сине-красный триколор; с 1709 года изображался только один из этих цветов. При императрице Анне Иоанновне, Екатерине II и с 1865 года в качестве фона использовался только белый цвет. Андреевский крест был расположен в малом прямоугольнике в верхнем углу у древка, позднее — на целом полотнище флага.

Гюйс военно-морского флота также несёт на себе Андреевский крест. Оба флага (гюйс и кормовой) были заменены в 1918 году на флаг РСФСР, а затем на вновь созданные гюйс и военно-морской флаг СССР.

Дореволюционные Андреевский флаг и гюйс были вновь введены во флоте России в 1991 году, они используются по сей день. Официальное знамя ВМФ России, основанное на флаге ВМФ России, было утверждено Федеральным законом № 162 от 29 декабря 2000 года (с последующими изменениями и дополнениями).